ใน Men In Black 3 สายลับ เจ (วิล สมิธ) และ เค (ทอมมี่ ลี โจนส์) กลับมา...แบบทันเวลา! ตลอด 15 ปีที่อยู่กับหน่วยจารชนพิทักษ์จักรวาล เจได้พบเห็นสิ่งประหลาดพิศดารมากมาย แต่ไม่มีอะไร หรือแม้แต่บรรดาเอเลี่ยนพิลึกพิลั่นที่จะทำให้เขางุนงงเท่ากับคู่หูหน้าตายและช่างเหน็บแนมของเขาได้อีกแล้ว จนเมื่อชีวิตของเคและชะตากรรมของโลกตกอยู่ในอันตราย สายลับเจจึงต้องเดินทางย้อนเวลาเพื่อแก้ไขทุกอย่างให้ถูกต้อง นั่นทำให้เจพบว่ายังมีความลึกลับอีกมากมาย ในจักรวาลที่เคไม่เคยบอกเขา ซึ่งมันจะถูกเปิดเผยออกมา เมื่อเขาร่วมทีมกับสายลับเคในวัยหนุ่ม (จอช โบรลิน) เพื่อพิทักษ์ชีวิตคู่หูของเขา หน่วยงานเอ็มไอบี และอนาคตของมนุษยชาติ

In Men in Black 3, Agents J (Will Smith) and K (Tommy Lee Jones) are back... in time. J has seen some inexplicable things in his 15 years with the Men in Black, but nothing, not even aliens, perplexes him as much as his wry, reticent partner. But when K's life and the fate of the planet are put at stake, Agent J will have to travel back in time to put things right. J discovers that there are secrets to the universe that K never told him -- secrets that will reveal themselves as he teams up with the young Agent K (Josh Brolin) to save his partner, the agency, and the future of humankind.