ใน Men In Black 3 สายลับ เจ (วิล สมิธ) และ เค (ทอมมี่ ลี โจนส์) กลับมา...แบบทันเวลา! ตลอด 15 ปีที่อยู่กับหน่วยจารชนพิทักษ์จักรวาล เจได้พบเห็นสิ่งประหลาดพิศดารมากมาย แต่ไม่มีอะไร หรือแม้แต่บรรดาเอเลี่ยนพิลึกพิลั่นที่จะทำให้เขางุนงงเท่ากับคู่หูหน้าตายและช่างเหน็บแนมของเขาได้อีกแล้ว จนเมื่อชีวิตของเคและชะตากรรมของโลกตกอยู่ในอันตราย สายลับเจจึงต้องเดินทางย้อนเวลาเพื่อแก้ไขทุกอย่างให้ถูกต้อง นั่นทำให้เจพบว่ายังมีความลึกลับอีกมากมาย ในจักรวาลที่เคไม่เคยบอกเขา ซึ่งมันจะถูกเปิดเผยออกมา เมื่อเขาร่วมทีมกับสายลับเคในวัยหนุ่ม (จอช โบรลิน) เพื่อพิทักษ์ชีวิตคู่หูของเขา หน่วยงานเอ็มไอบี และอนาคตของมนุษยชาติ