"สงครามหมื่นขา ล่าล้างจักรวาล 3" จะระเบิดความมันส์ให้ตาโพลงกับสงครามมนุษย์ปะทะกองทัพแมลงยักษ์อีกครั้ง! พันเอกจอห์นนี่ ริโก้ (แคสเปอร์ แวน ดีน) กลับมาเพื่อนำทีมกระโจนสู่ภาระกิจช่วยเหลือหทารจำนวนหนึ่งซึ่งถูกทิ้งไว้อยู่บนดาวเคราะห์ OM-1 ขณะที่พวกเขาต้องปะทะกับกองทัพแมลงพิฆาตทั้งเก่าและใหม่ ฝ่าย "มารอเดอร์" โฉมใหม่ก็ได้พัฒนาอาวุธสุดยอดขึ้นมาซึ่งอาจเป็นความหวังเดียวของพวกเขา ในการต่อสู้กับปฏิบัติการอันชั่วร้ายที่แฝงอยู่ในสหพันธรัฐด้วยกัน และในระหว่างที่กัปตันลอล่า เบ็ก (โจลีน บลาล็อก) และทหารลูกทีมของเธอต้องต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดในสภาวะอันยากลำบาก พวกเขาพบว่าบางอย่างบนดาว OM-1 กำลังมีสิ่งเลวร้ายเกิดขึ้น เพราะครั้งนี้ฝ่ายแมลงพิฆาตก็มีอาวุธร้ายที่พร้อมจะทำลาย ฝ่ายมนุษย์ให้สูญพันธุ์ไปจากจักรวาล