หลังจาก ทอม เมสัน และ กัปตัน วีเลอร์ ได้ทำลายฐานทัพของเอเลี่ยนในบอสตัน ทั้งยังได้พบกับ คาเรน ซึ่งถูกเอเลี่ยนจับตัวไปและควบคุมความคิดของเธอ คาเรนได้ให้ทอม ขึ้นยานอวกาศของเอเลี่ยนไปด้วยกัน ไม่เช่นนั้นจะสั่งให้เบน ลูกชายคนกลางของทอมต้องกลับไปอยู่ภายใต้การควบคุมของเอเลี่ยนอีกครั้ง ในซีซั่น 2 นี้จะเริ่มต้นขึ้น 3 เดือนต่อมาหลังจากที่ทอมได้ขึ้นยานไปแล้ว

It's been nearly one year since the aliens attacked - reality has set in, and it's a whole new world. Season two of Falling Skies follows the 2nd Massachusetts on their quest to Charleston, South Carolina to find more human survivors and fighters from the continuous alien attacks. Tom Mason (Noah Wyle) tries to keep the resistance fighters and his family in line, while new dangers and returning enemies seem to greet them at every stop.

Falling Skies is executive-produced by Steven Spielberg, along with DreamWorks Television heads Justin Falvey and Darryl Frank. Remi Aubuchon and Greg Beeman serve as co-executive producers.