พบกับมหกรรมกีฬาระดับโลก World Sports Games (WSG) ที่จะจัดขึ้นทุก ๆ 4 ปี โดยในปีนี้กรุงโตเกียวก็ได้ถูกรับเลือกให้เป็นเจ้าภาพในการจัดงานกีฬาครั้งยิ่งใหญ่ นอกจากนั้นแล้วยังมีการเปิดตัวรถไฟความเร็วสูง Hyper Linear ที่มาพร้อมกับเทคโนโลยีใหม่ครั้งแรกของโลก สามารถวิ่งด้วยความเร็วได้สูงถึง 1,000 กม./ชม. ซึ่งเป็นอีกหนึ่งการเปิดตัวที่เป็นที่สนใจของสื่อต่าง ๆอย่างมาก

แต่แล้วก็มีเหตุการณ์ไม่คาดฝันเกิดขึ้น บุคคลสำคัญระดับสูงพร้อมทั้งเหล่าสปอนเซอร์รายใหญ่ของงานได้ถูกลักพาตัวไปทีละคน โดยไม่มีใครรู้ว่าใครเป็นผู้อยู่เบื้องหลัง ซึ่งเป็นเหตุการณ์ที่คล้ายกับเหตุการณ์ที่เคยเกิดขึ้นในสหรัฐอเมริกาเมื่อ 15 ปีก่อน

เมื่อโคนัน และ ชูอิจิ อากากิ ได้รู้ว่าอดีตเจ้าหน้าที่ FBI อลัน แม็คเคนซี่ ที่ตอนนี้ได้กลายมาเป็นประธานของ WSG จะทำการขึ้นรถไฟขบวนปฐมฤกษ์ ทั้งสองจึงทำการติดตามไปไขข้อสงสัย ในขณะที่น้องสาวของอากาอิ มาสึมิ เซระ และแม่ของอากาอิ